I siti cristiani nascosti della regione di Nagasaki sono una serie di località che conservano edifici cristiani situati nella prefettura di Nagasaki, nella parte nord-occidentale dell'isola di Kyūshū. I 12 componenti del sito - 10 villaggi, il castello di Hara e la cattedrale di Oura - sono stati inseriti nella Lista dei patrimoni dell'umanità dell'UNESCO il 30 giugno 2018.

Questi siti, costruiti tra il XVI e il XIX secolo, testimoniano le attività dei primi missionari cattolici nel Giappone e della storia successiva dei cristiani giapponesi, caratterizzata dalla proibizione, dalla persecuzione e infine dalla riapertura e dalla rinascita del culto cristiano dopo il 1853. In particolare sono testimonianze uniche della tradizione culturale dei kakure kirishitan (i "cristiani nascosti") della regione di Nagasaki, che per sfuggire alle persecuzioni trasmisero segretamente la loro fede per generazioni, dal XVII al XIX secolo.  

Il cristianesimo arrivò per la prima volta in Giappone a metà del 1500, dove si diffuse per un breve periodo nei dintorni di Nagasaki e sulle isole adiacenti di Amakusa.

Visitando oggi questa regione, si troveranno le rovine del castello, chiese ricostruite e antichità religiose che raccontano una storia di ribellioni locali contro lo shogunato, rituali forzati di rinuncia alla fede cristiana, seguiti dalla successiva liberalizzazione della pratica religiosa a metà del XIX secolo.

Nel XVI secolo, il cristianesimo si diffuse a Nagasaki e sulle disole di Amakusa per un breve periodo attraverso l'opera del missionario gesuita Francis Xavier. Diffondendosi a partire da Nagasaki, la nuova fede conquistò molti convertiti. Nel corso del XVI secolo la comunità cattolica crebbe fino a superare le 300.000 unità: per essi venne istituita nel 1588 la diocesi di Funay. Soltanto pochi decenni dopo, nel 1614, lo shogunato Edo ne proibì la fede e i suoi seguaci furono costretti a praticare in segreto e ad affrontare la tortura e la morte.

Anche se molti cristiani furono costretti a rinunciare alla fede, molti altri trovarono il modo di continuare le loro pratiche religiose in segreto. Senza sacerdoti ordinati o istituzioni da seguire, la religione cominciò ad evolversi lentamente assumendo una propria forma peculiare.

Per comprendere meglio la storia delle persecuzione cristiana, ci si dirige vero la città di Shimabara, situata sulla punta meridionale di Nagasaki. Per quasi cinque mesi, gli agricoltori si rivoltarono contro lo shogunato, opponendosi all'oppressione religiosa e agli aumenti delle tasse. La rivolta portò infine a uno scontro aperto con circa 120.000 soldati, che si concluse con la battaglia del Castello di Hara nell'aprile del 1638. Lo spargimento di sangue servì soltanto ad aumentare la determanzione del governo nel limitare la religione.

Visitanto Shimabara si troveranno fondamenta in pietra, i cancelli del castello e un monumento in ietra in commemorazione della rivolta.

Dopo la rivolta di Shimabara del 1637-1638, alla pratica della persecuzione dei cristiani si aggiunse la politica del sakoku, cioè la chiusura del paese agli stranieri, che durò per oltre due secoli e impedì ai cristiani giapponesi, ormai costretti a vivere in clandestinità (i cosiddetti kakure kirishitan), di avere qualunque contatto con le gerarchie ecclesiastiche o con altri cristiani. 

Con l'apertura del Giappone dopo la restaurazione Meiji (1868-1912) e il divieto del cristianesimo ufficilmente revocato nel 1873, i cristiani che per tanti anni avevano praticato segretamente la loro religione, divennero liberi di praticarla pubblicamente. Molte chiese costruite nella regione risalgono a metà del XIX secolo. La più importante tra queste è la Cattedrale di Oura, situata nel cuore di Nagasaki, una chiesa cattolica gotica dedicata ai 26 martiiri giustiziati sulla collina di Nishzaka.

Da Shimabara si può prendere un traghetto per le isole Amakusa, un arcipelago di isole rocciose con vegetazione rigogliosa e villaggi balneari idilliaci. Queste isole furono la residenza di Amakusa Shiro, il leader della Ribellione di Shimabara. In seguito al divieto del cristianesimo, l'area divenne un terreno fertile per i cristiani che praticavano in segreto in Giappone. Conosciuti come kakure kirishitan, questi praticanti clandestini creavano e veneravano in stanze segrete statue della Vergine Maria che ricordano incredibilmente le dee buddiste Kannon.

A nord-ovest di Nagasaki si incontra l'ex città di Sotome. Come Amakusa, i cristiani praticarono qui la loro fede in segreto fino alla metà del 1800. In seguito alla restaurazione Meiji, nella zona furono ripristinate diverse chiese. Tra queste, la chiesa di Shitsu, attiva ancora oggi e riportata al suo aspetto originale.

I dodici luoghi iscritti nella lista sono:

Minamishimabara	Resti del Castello di Hara
Hirado	Villaggio di Kasuga e luoghi sacri a Hirado (Villaggio di Kasuga e monte Yasumandake)
Hirado	Villaggio di Kasuga e luoghi sacri a Hirado (Isola di Nakaenoshima)
Amakusa	Villaggio di Sakitsu ad Amakusa
Nagasaki	Villaggio di Shitsu a Sotome
Nagasaki	Villaggio di Ōno a Sotome
Sasebo	Villaggi sull'isola di Kuroshima
Ojika	Resti di villaggi sull'isola di Nozaki
Shinkamigotō	Villaggi sull'isola di Kashiragashima
Gotō	Villaggi sull'isola di Hisaka
Gotō	Villaggio di Egami sull'isola di Naru (Chiesa di Egami e i soui dintorni)
Nagasaki	Cattedrale di Ōura